يتولى مجلس النقابة إدارة شؤون النقابة الموكولة إليه قانونًا، بما في ذلك الدعوة والتنفيذ والإشراف والجزاءات والتسوية المالية والتنظيمية.
يتولى مجلس النقابة النظر في الأمور الموكولة إليه بموجب أحكام هذا القانون وخاصة المسائل التالية: دعوة المؤتمر العام وتنفيذ قراراته وتوصياته. تنسيق نشاطات مجلس الفروع والإشراف على أعمالها والتأكد من قيامها بعملها ضمن حدود صلاحياتها القانونية وإصدار التعليمات والتوجيهات الواجبة التطبيق. حل مجلس الفرع في الحالات التي يحددها النظام الداخلي على أن يتم انتخاب بدلا منه خلال أسبوعين على الأكثر من تاريخ حله. تنفيذ كل ما من شأنه رفع مستوى مهنة الهندسة الزراعية والنهوض بمستواها العلمي وتدعيم الروابط الفنية والثقافية والاجتماعية بين الأعضاءوفق أحكام هذا القانون. النظر في الحالات التي تستوجب منح المكافآت والتعويضات للأعضاء المجدين أو للعاملين في النقابة والإعفاء من الرسوم للأعضاء الذين تقتضي ظروفهم ذلك وفرض العقوبات التأديبية بحق الأعضاء المقصرين. تسمية اللجان النقابية والمهنية والعلمية التي تتطلبها أعمال النقابة البت في قراراتها ووضعها موضع التنفيذ. المحافظة على الأسس التي تقوم عليها النقابة والقيام بالمراقبة التي تستلزمها مصلحتها والدفاع عن حقوقها وكرامتها. فض المنازعات التي تقوم بين أعضاء النقابة وتسوية الخلافات التيتقع بينهم وبين الآخرين. إصدار الأنظمة المتعلقة بالرقابة بعد إقرارها أصولا. إعداد مشروع إدارة أموال النقابة وأوجه استثمارها ومشروع الموازنة السنوية ومراقبة تنفيذها وتسمية مفتشي حسابات فروع النقابة وتحديد تعويضاتهم. تقرير عقد الندوات والمحاضرين العلمية الزراعية والاشتراك في المؤتمرات والندوات التي تدعى إليها النقابة وتسمية ممثليها. اتخاذ القرارات في جميع المسائل المتعلقة بإدارة العمل في النقابة وتنفيذ أهدافها والتي لا تدخل ضمن صلاحيات المؤتمر العام والمجالس الأخرى.