تعمل النقابة على تحقيق أهدافها في تطوير القطاع الزراعي ورعاية مصالح أعضائها وتعزيز دور المهنة.
تعمل النقابة على تحقيق الأهداف الآتية.. 1/ المساهمة في تطوير القطاع الزراعي عن طريق الاشتراك في الهيئات والمجالس المختصة وذلك في المجالات التي تحقق اهدافها. 2/ رفع شأن مهنة الهندسة الزراعية والنهوض بمستواها العلمي والعملي والتأكيد على دورها في تطوير القطاع الزراعي والمساهمة في بناء زراعة حديثة تؤمن احتياجات المجتمع اقتصاديا واجتماعيا. 3/ تعبئة قوى اعضاء النقابة وتنظيم جهودهم وحشد طاقاتهم واستخدامها بشكل يحقق اكبر فائدة للاقتصاد الوطني. 4/ رعاية مصالح اعضائها والعناية بشؤونهم والمحافظة على كرامتهم والدفاع عن حقوقهم والعمل على تحسين حالتهم المادية والمهنية. 5/ تشجيع المبادرات الابداعية والمواهب العلمية والكفاءات للأعضاء وتبنيها. 6/ تعزيز وتوطيد العلاقات الاجتماعية والاقتصادية والمهنية مع المهندسين الزراعيين في بلدان الاغتراب.