يتولى مجلس النقابة إدارة شؤون النقابة وشؤون المهنة وتنفيذ قرارات المؤتمر العام والرقابة على الفروع ضمن حدود القانون.
يتولى مجلس النقابة ادارة شؤون النقابة وكل ما يتعلق بشؤون المهنة وعلى وجه الخصوص ما يلي: 1/ تنفيذ قرارات المؤتمر العام وتوصياته. 2/ الحفاظ على مبادئ المهنة وتقاليدها والعمل على تحقيق اهدافها والارتقاء بمستواها والدفاع عن حقوق النقابة والحقوق المهنية لأعضائها والتعاون مع الاتحادات والمنظمات والجمعيات العربية والدولية بما ينسجم مع أهداف النقابة. 3/ متابعة نشاطات مجالس الفروع والاشراف على اعمالها والتأكد من قيامها بعملها ضمن حدود صلاحياتها القانونية واصدار التعليمات والتوجيهات الواجبة التطبيق. 4/ تنفيذ كل ما من شانه رفع مستوى مهنة الهندسة الزراعية والنهوض بمستواها العلمي والعملي وتدعيم الروابط الفنية و الثقافية والاجتماعية بين الأعضاء وفق احكام هذا القانون. 5/ النظر في الحالات التي تستوجب منح المكافآت والتعويضات للأعضاء المجدين او للعاملين في النقابة وفرض العقوبات التأديبية بحق الاعضاء المقصرين والمخالفين لأهداف النقابة. 6/ تسمية واحداث المكاتب التخصصية في النقابة والفروع التي تتطلبها اعمال النقابة والبت في قراراتها ووضعها موضع التنفيذ ويسمي مجلس النقابة هذه المكاتب ومهامها وأسس عملها. 7/ المحافظة على الاسس التي تقوم عليها النقابة والقيام بالمراقبة التي تستلزمها مصلحتها والدفاع عن حقوقها وكرامتها. 8/ اقتراح مشاريع الانظمة المختلفة للنقابة واستكمال اصدار الانظمة المتعلقة بالنقابة بعد اقرارها من المؤتمر العام. 9/ ادارة واستثمار اموال النقابة وممتلكاتها وتحصيل الرسوم الواجبة والمستحقة لها. 10/ اعداد مشروع الموازنة السنوية وتنفيذها بعد اقرارها من المؤتمر العام. 11/ عقد المؤتمرات والندوات والمحاضرات وورشات العمل والمعارض العلمية الزراعية. 12/ المشاركة في المؤتمرات والندوات والمهرجانات وورشات العمل والمعارض الزراعية التي تدعى اليها النقابة وتسمية ممثليها. 13/ الفصل في الاعتراضات والطعون المقدمة اليه بموجب احكام هذا القانون والنظام الداخلي للنقابة. 14/ اقتراح احداث فروع للنقابة أو دمجها.