الوزير هو المسؤول الأعلى عن تنفيذ سياسة الوزارة ويمارس صلاحيات الإدارة والتمثيل والتفويض والتأديب ضمن القانون.
اختصاصات الوزير: أ- الوزير هو المسؤول عن تنفيذ خطة وسياسة الدولة فيما يختص بالوزارة، وهو الرئيس الإداري الأعلى للوزارة، وله حق التوجيه للعاملين فيها والمكلفين بالعمل الديني، ويراقب ويوجه عمل الوزارة بما يكفل تحقيق الاستقرار المؤسسي، ورفع مستوى الكفاءة في التنفيذ، ويتولى إصدار وتعديل النظام الداخلي للوزارة والجهات التي تتبعها، وقبول الهبات والتبرعات المقدمة إلى الوزارة وفق القوانين والأنظمة النافذة، وإصدار قرارات مجلس الأوقاف المركزي، وقبول الهبات والتبرعات المقدمة للجهات الوقفية وأماكن العبادة. ب- الوزير هو عاقد النفقة وآمر التصفية والصرف لنفقات الوزارة، وهو الممثِّل الشرعي والقانوني للأوقاف الإسلاميَّة في الجمهوريَّة العربيَّة السوريَّة، ويتولى الإشراف على إدارتها وتنميتها واستثمارها، والدفاع عنها، وتمثيلها أمام القضاء والغير. ج- للوزير أن يفوض من يراه من معاونيه أو مديري مديريات الأوقاف أو رؤساء الشعب الوقفية ببعض صلاحياته. د- يرأس الوزير لجنة الحج العليا التي تُشكَّل وتُحدَّد مهامها بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناءً على اقتراح الوزير. هـ- يتولى الوزير تسمية مفتين في المحافظات عند الحاجة، وتكليف أرباب الشعائر الدينية والقائمين على أماكن العبادة ومحاسبة المقصرين منهم، وفرض العقوبات التأديبية بحق من تثبت مخالفته منهم وفق أحكام هذا القانون والأنظمة الصادرة وفقاً له.