تتكون الوزارة من الإدارة المركزية والمديريات والشعب والمدارس الشرعية والمؤسسات والمراكز المحدثة، وتحدد تنظيماتها بالنظام الداخلي والمرسوم المختص.
البنية التنظيمية للوزارة: أ- تتكون الوزارة من الإدارة المركزية ومديريات وشعب الأوقاف، والمدارس الشرعية الإسلامية والمؤسسات والمراكز المحدثة وفق أحكام هذا القانون. ب- تحدد مهام الوحدات التنظيمية الواردة في الفقرة (أ) السابقة وارتباطها ومستويات الإشراف وعلاقات التنسيق والدعم فيما بينها في النظام الداخلي للوزارة. ج- يصدر الهيكل الوظيفي للوزارة متضمناً الملاك العددي والمسالك الوظيفية للوظائف الإدارية وأنظمة العمل الخاصة بها، بمرسوم بناءً على اقتراح الوزير بالتنسيق مع وزير التنمية الإدارية. د- يخضع العاملون الإداريون في الوزارة والمديريات التابعة لأحكام القانون الأساسي للعاملين في الدولة رقم /50/ لعام 2004م. الباب الثالث الشؤون الإسلاميَّة الفصل الأوَّل المجلس العلمي الفقهي