الوزير هو المرجع الأعلى للوزارة والممثل الشرعي للأوقاف الإسلامية وله أن يقيم الدعاوى أو يوكل من يشاء للدفاع عن حقوقها ضمن الأحكام النافذة.
الوزير هو المرجع الأعلى للوزارة في الشؤون التوجيهية وفي الإشراف على الأعمال والمناهج ومراقبة تنفيذها ضمن أحكام القوانين والأنظمة وهو أمر الصرف الأساسي لنفقات الوزارة والممثل الشرعي للأوقاف الإسلامية ، وله بهذه الصفة أن يقيم الدعاوى بنفسه أو أن يوكل من يشاء من ممثلي إدارة الأوقاف للدفاع عن حقوق الأوقاف مع مراعاة أحكام قانون تنظيم إدارة قضايا الحكومة رقم / 58 / لسنة 1959 . وللوزير أن يعهد ببعض الاختصاصات المخولة له بموجب التشريعات النافذة إلى الأمين العام والمديرين وممثلي إدارة الأوقاف . ( الأمين العام )