تتولى المؤسسة التحقيق الفني والتشغيلي في حوادث ووقائع الطائرات المدنية وفق الضوابط واللجان والتعليمات التي تضعها، مع إعداد تقرير وتوصيات ونشر النتيجة بالصورة التي تتفق والصالح العام.
تقوم المؤسسة بالتحقيق الفني والتشغيلي في الحوادث والوقائع التي تقع للطائرات المدنية في إقليم الدولة وفي الحوادث التي تقع للطائرات المدنية المسجلة في الدولة فوق المياه الدولية، وعليها في سبيل ذلك: أ - وضع ضوابط التحقيق وتشكيل لجانه والقواعد الواجب اتباعها لإجراء التحقيق في مثل هذه الحوادث والوقائع، بما يتوافق مع أحكام هذا القانون والقواعد القياسية لمنظمة الطيران المدني الدولي، وإصدار التعليمات بشأنها وطريقة الإخطار عنها فور حصولها وكيفية إزالة آثارها ووضع القواعد والتعليمات التي يجب على الجهات المختصة اتباعها عند وقوع مثل هذه الحوادث. ب - إعداد تقرير عن الحادث والظروف المتعلقة به وبيان الأسباب التي أدت إلى وقوعه (في حال التوصل إليها) ونشر نتيجة التحقيق بالصورة والصيغة اللتين تتفقان والصالح العام. ج - وضع التوصيات اللازمة لمنع تكرار وقوع الحوادث مستقبلاً بهدف تأمين سلامة الطيران. د - أما بشأن الحوادث التي تقع للطائرات المسجلة في الدولة في إقليم دولة أخرى فيشارك ممثلون عن لجنة التحقيق بصفة مراقبين، وذلك طبقاً لأحكام ملاحق اتفاقية شيكاغو ذات الصلة.