تخضع أحكام المحاكم الجمركية لطرق الطعن ومواعيده وفق قانون أصول المحاكمات مع الاستثناءات المحددة بحسب قيمة الحكم.
أ - تكون الأحكام الصادرة عن المحاكم الجمركية الداخلة في اختصاصها خاضعة لإجراءات الطعن المنصوص عليها في قانون أصول المحاكمات وطرقه ومواعيده مع مراعاة ما يلي: 1- مبرمة إذا قضت بما لا يزيد على /100000/ مئة ألف ليرة سورية بما فيها قيمة جميع المصادرات. 2- في الدرجة الأولى وتقبل الطعن بطريق الاستئناف دون طريق النقض إذا قضت بما يزيد على /100000/ مئة ألف ليرة سورية ولا يتجاوز /250000/ مئتين وخمسين ليرة سورية ويصدر حكم الاستئناف في الحالة مبرماً، ويكون الاستئناف دوماً أمام محكمة الاستئناف القائمة في مركز المحكمة الجمركية. 3- قابلة لجميع طرق الطعن المنصوص عليها في قانون أصول المحاكمات فيما سوى ذلك. ب - إذا لم يقدم الطعن خلال المواعيد المحددة يصبح الحكم مبرماً.