تتولى إدارة الجمارك تنفيذ القوانين والأنظمة المتعلقة بالاستيراد والتصدير والعبور، وتحصل الرسوم، وتكافح التهريب، وتمثل الدولة ضمن حدود اختصاصها.
تتولى إدارة الجمارك المهام التالية: أ- تنفيذ القوانين والأنظمة المتعلقة بالاستيراد والتصدير والعبور وسائر الأوضاع الجمركية، وتنفيذ الاتفاقيات الدولية والعربية المصادق عليها من الجمهورية العربية السورية. ب - تحصيل إيرادات الخزينة العامة من الرسوم الجمركية وغيرها من الرسوم والضرائب والبدلات المترتبة على الاستيراد والتصدير والعبور والأوضاع الجمركية الأخرى التي تستوفيها الجمارك. ج - مكافحة التهريب وما في حكمه وضبط المخالفات الجمركية المرتكبة وتحصيل الغرامات والرسوم المترتبة وفق أحكام هذا المرسوم. د- المساهمة بالدفاع عن حدود الوطن وضبط النظام العام وتقديم المؤازرة للجهات الرسمية الأخرى. ه- تمثيل الدولة في المؤتمرات والاجتماعات التي يتصل نشاطها بالشؤون الجمركية وفق القوانين النافذة. و- اقتراح السياسات الاستراتيجية والتخطيطية للنهوض بالعمل ي- دراسة مشروع الموازنة العامة للجمارك تمهيدا لرفعها إلى رئيس الهيئة لإقرارها وفق القوانين والأنظمة النافذة.