تكون للهيئة موازنة خاصة تصدر بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح المدير العام، وتتكون مواردها من إعانة الدولة وطابع الطب الشرعي والهبات والوصايا والتبرعات والموارد الأخرى المسموح بها قانونًا.
أ- يكون للهيئة موازنة خاصة بها تصدر بقرار من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح المدير العام ترتبط بالموازنة العامة للدولة. ب- تتكون إيرادات الهيئة من المصادر الآتية: 1- إعانة الدولة المقررة في موازنتها العامة. 2- طابع الطب الشرعي. 3- الهبات والوصايا والتبرعات وفق القوانين والأنظمة النافذة. 4- الموارد الأخرى التي تسمح بها القوانين والأنظمة النافذة.