يجوز وقف تنفيذ أحكام المحاكم العسكرية في الحرب والطوارئ بمرسوم من مجلس الوزراء لأسباب تتعلق بمصلحة الدفاع الوطني، ويجب النص صراحة على العقوبات الفرعية إن شملها الوقف.
1- في حالتي الحرب والطواريء يجوز وقف تنفيذ أي حكم صادر عنالمحاكم العسكرية بمرسوم يتخذ في مجلس الوزراء لأسباب تتعلق بمصلحة الدفاع الوطني. 2- يمكن أن يتناول وقف التنفيذ العقوبات الفرعية كليا أو جزئيا ويجب في هذه الحالة ذكر ذلك صراحة في المرسوم القاضي بوقف التنفيذ. 3- في حالة إعلان التعبئة العامة يوقف حتما بمرسوم يتخذ في مجلس الوزراء تنفيذ الأحكام الصادرة من أجل جرائم ارتكبت للتخلص من الخدمة العسكرية. أما في حالة إعلان التعبئة الجزئية فيوقف التنفيذ عن الأشخاص المدعوين لحمل السلاح.