يُعين رئيس الهيئة بمرسوم بناءً على اقتراح رئيس مجلس الوزراء ويتولى إدارة الهيئة وتمثيلها وصلاحياتها المحددة في النص.
رئيس الهيئة: أ- يعين رئيس الهيئة بمرسوم بناء على اقتراح رئيس مجلس الوزراء ويحدد فيه اجره وتعويضاته. ب- يتولى رئيس الهيئة المهام والصلاحيات التالية: 1- اعداد مشاريع الانظمة الخاصة بعمل الهيئة. 2- اعداد مشروع موازنة الهيئة وتقريرها السنوي. 3- الاشراف على تنفيذ الخطط المتعلقة باعمال الهيئة. 4- متابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن المجلس الاعلى واي قرارات صادرة وفقا لاحكام هذا القانون. 5- ادارة اعمال الهيئة والاشراف على عامليها وشؤونها الادارية والمالية والفنية بما في ذلك اعداد الهيكل التنظيمي للهيئة. 6- رفع مشروع الاطار الوطني للتخطيط الاقليمي والخطط الاقليمية الى المجلس الاعلى. 7- اعداد تقارير تتبع مشاريع التخطيط الاقليمي ورفعها الى المجلس الاعلى. 8- عقد النفقة وصرفها وفق القوانين والانظمة النافذة للهيئات ذات الطابع الاداري. 9- منح المكافات التشجيعية وفرض العقوبات بالنسبة للعاملين في الهيئة وفق القوانين والانظمة النافذة. 10- التعاقد مع اختصاصيين وخبراء محليين واجانب لفترات ومهمات محددة دون التقيد بالحدود القصوى للاجور الواردة في قانون العاملين الاساسي وعلى ان تصدق العقود من رئيس مجلس الوزراء. 11- ممارسة حق التعيين وترفيع ونقل وندب العاملين في حدود القوانين والانظمة النافذة. 12- تمثيل الهيئة تجاه الغير وامام القضاء. 13- اي مهام اخرى يكلفه بها رئيس المجلس الاعلى.