تتحدد مسؤولية شركة المرفأ عن أضرار البضاعة وفق مرحلة الإيداع وطبيعة البضاعة؛ فلا تقوم قبل وضعها في الأماكن المخصصة لها حسب نظام المرفأ، وإذا ثبت استحالة خزنها في المستودعات انتفت مسؤولية شركة المرفأ، مع بقاء مسؤولية الناقل عن حماية البضاعة.
شركة المرفأ لا تسأل عن تعييب البضاعة الا من تاريخ وضعها في العراء وتحت السقائف او خزنها في المستودعات حسب طبيعة البضاعة واذا وجد مكان في المستودعات، فاذا تبين من الخبرة انه لا يمكن إدخالها في المستودعات لم تكن شركة المرفأ مسؤولة، وتبقى الشركة الناقلة مسؤولة عن عدم اتخاذ تدابير حماية البضاعة.