الاختصاص الخاص للجان الجمركية يسري فقط إذا كانت الجمارك طرفاً مدعياً في ذات الموضوع؛ فإذا انتفى ذلك أو اختلف محل الادعاء، عاد الاختصاص للقضاء العادي. وإذا كانت نتيجة الدعوى المدنية متوقفة على ما تقرره اللجنة الجمركية، وجب وقف السير فيها إلى حين صدور القرار الجمركي.
اللجان الجمركية تحجب اختصاص القضاء العادي عندما تكون الجمارك مدعية اما اذا لم تدع الجمارك او كان ادعاؤها يختلف عن موضوع الدعوى المقامة أمام القضاء العادي فيبقى للقضاء العادي الفصل في الموضوع , واذا كان البت بموضوع الدعوى يتوقف على قرار اللجنة الجمركية فتعتبر الدعوى المدنية مستاخرة حتى صدور قرار اللجنة .