لا يجوز الخلط بين قرار منع المحاكمة وقرار وقف الملاحقة؛ فالأول يصدر لانتفاء الجرم أو لعدم كفاية الدليل على الإسناد، بينما الثاني لا يكون إلا في الحالات التي يجيزها القانون صراحةً.
أصول جزائية – المرسوم رقم 112 لعام 1950 /الكتاب الأول: الضابطة العدلية وموظفوها وقضاة الإحالة/الباب الرابع: وظائف قضاة التحقيق/الفصل الخامس: قرارات قاضي التحقيق بعد انتهاء التحقيق/مادة 138/ يختلف قرار منع المحاكمة عن قرار وقف الملاحقة القضائية في أن قرار منع المحاكمة يستند إلى أن الفعل لا يؤلف جرماً أو لم يقم الدليل على ارتكاب المدعى عليه اياه (مادة 132 قانون أصول جزائية) أما قرار وقف الملاحقة فلا يكون إلا بنص في القانون (ف 3 مادة 1 قانون أصول جزائية).