إذا ثبت أن ضرر البضائع في المنطقة الحرة سببه فعل أو إهمال العاملين أو سوء التخزين في مستودعات غير صالحة، قامت مسؤولية الهيئة بالتعويض، ويُعد إخراج البضائع إلى أماكن غير مخصصة لها دون موافقة مالكها خطأً يستوجب الضمان.
ان هيئة المؤسسة العامة للمناطق الحرة تعتبر مسؤولة عن الاضرار اللحقة بالبضائع اذا ثبت انها ناجمة عن فعل او اهمال موظفيها او عمالها او مستخدميها او سوء حالة مستودعاتها وعدم صلاحيتها للتخزين وذلك بالاستناد الى حكم صادر عن المحكمة المختصة ويجوز عقد تسوية على الاضرار دون الرجوع الى القضاء ووضع البضائع خارج المستودعات المسقوفة تحت العراء وفي الساحات دون الحصول على موافقة وتعهد صاحب البضاعة يشكل خطأ يوجب التعويض