يتوجب على قاضي التحقيق أن يحسم الدفع بعدم الاختصاص على وجه مستقل ومسبق عن السير في التحقيق، لأن تجاهله أو إرجاءه يوجب عيباً إجرائياً جوهرياً.
الدفع بعدم الاختصاص من الدفوع الأساسية التي يجب على قاضي التحقيق البت بها استقلالاً قبل متابعة التحقيق. وقد اعتبرت محكمة النقض أن إغفال الفصل بهذا الدفع يشكل مخالفة للأصول الجوهرية. قرار محكمة النقض السورية رقم 574 أساس 812 تاريخ 27/4/1982.