حجية قرار منع المحاكمة تختلف بحسب سببه: فإذا كان مبنياً على أسباب قانونية واكتسب الدرجة القطعية استقرّت حجيته، أما إذا كان مبنياً على عدم كفاية الأدلة فلا يمنع ظهور أدلة جديدة من إعادة التحقيق في الواقعة.
ان حجية قرار قاضي التحقيق العسكري بمنع المحاكمة للأسباب القانونية تكون مطلقة عند اكتساب القرار الدرجة القطعية اما في حالة منع المحاكمة لعدم كفاية الأدلة فلا يكون لقراره مثل هذه الحجية فإذا ظهرت ادلة جديدة جازت العودة الى اجراء تحقيق جديد .