الأصل أن المنطقة الحرة لا تخضع للنظام الجمركي العام، ويقتصر خضوعها على الأحكام الخاصة الواردة في قانون إحداثها والأنظمة التنفيذية التابعة له.
المنطقة الحرة بحسب طبيعتها تعتبر خارج النطاق الجمركي ولا تخضع للأنظمة الجمركية المطبقة على البضائع الداخلة والخارجة من القطر وإليه المطبقة في داخل القطر الا في حدود ما نص عليه القانون الخاص بإحداثها والأنظمة المنفذة له