إذا كان النزاع قائماً بين جهة عامة أو مؤسسة عامة وشركة مرفأ اللاذقية في نطاق ما عُدّ منازعة بين مؤسستين، فإن الاختصاص ينعقد للقسم الاستشاري في مجلس الدولة لا لغيره.
الاجتهاد القضائي قد استقر على أنه تعتبر الجمعية العمومية للقسم الاستشاري بمجلس الدولة صاحبة الاختصاص للفصل في المنازعات ما بين شركة مرفأ اللاذقية وإدارة الجمارك # النزاع بين مؤسسة الحبوب وشركة مرفأ اللاذقية يعتبر نزاعا بين مؤسستين والاختصاص للقسم الاستشاري في مجلس الدولة