تحديد الاختصاص الجزائي يتبع طبيعة الجرم: فإن كان غير منصوص عليه في قانون مكافحة الإرهاب فلا ينعقد لمحكمة الإرهاب لمجرد الإحالة، بل يطبّق عليه الوصف الجزائي العادي؛ أما الجرائم المتلازمة مع جرم إرهابي أو المرتبطة به صلةً وثيقة فتدخل في اختصاص محكمة الإرهاب.
إن القضاء الجزائي العادي هو صاحب الولاية العامة في كل نزاع ينشأ بين المحاكم بأنواعها ويفرض رقابته القانونية على جميع الأحكام والقرارات الصادرة بما فيها الاختصاص إذا كان الجرم غير منصوص عنه في قانون مكافحة الارهاب فتطبق عليه أحكام المادة 306 عقوبات بدلالة المادة 304 عقوبات تنظر محكمة قضايا الارهاب أيضا بباقي الجرائم المحالة إليها من قبل نيابة الارهاب والتي تكون متلازمة مع جرم ارهابي أو جرائم لها صلة بالارهاب إذا كان للجرم صلة بالارهاب فيكون الاختصاص عندئذ لمحكمة الارهاب