في الجنايات، لا يدخل العفو العام في تقدير الجريمة أو ظروفها، بل يُطبَّق في مرحلة لاحقة بعد الحكم بالعقوبة ثم تخفيضها للأسباب المخففة؛ فإذا عكسَت المحكمة هذا التسلسل كان حكمها معيباً.
ان العفو العام من الأسباب المخففة بالنسبة للجنايات وهو خارج عن موضوع الدعوى وظروفها وملابساتها لذلك يأتي في آخر الأمر وعلى المحكمة أن تقضي بالعقوبة ثم تخفضها للأسباب المخففة ثم يأتي دور العفو العام المناقشة: لما كانت محكمة الجنايات في إدلب قد انتهت إلى تجريم الطاعن زكريا بجناية حيازة الحشيش المخدر وقضت بوضعه في سجن الأشغال الشاقة ثلاث سنين وتغريمه خمسة آلاف ليرة سورية وفقاً للمادة 37 من قانون المخدرات ثم أنزلت العقوبة إلى سنة ونصف والغرامة 2500 ليرة لشمول الجريمة بالعفو العام ثم أنزلتها إلى ستة أشهر والغرامة إلى 1250 ليرة للأسباب المخففةولما كان العفو العام من الأسباب المخففة بالنسبة للجنايات وهو خارج عن موضوع الدعوى وظروفها وملابساتها ولذلك فإنه يأتي في آخر الأمر إذا كان على المحكمة أن تقضي بالعقوبة ثم تخفضها للأسباب المخففة ثم يأتي دور العفو العام ولكنها لم تفعل فجاء قرارها مخالفاً للأصول والقانون.