تعيين المرجع في أصول المحاكمات الجزائية لا يكون إلا بين محاكم تخضع لمرجع قضائي واحد، فلا مجال له بين محاكم لا يجمعها طريق طعن أو إشراف قضائي واحد.
أصول جزائية – المرسوم رقم 112 لعام 1950 /الكتاب الثالث: أصول خاصة ببعض القضايا/الباب السادس: تعيين المرجع ونقل الدعوى من محكمة إلى أخرى/الفصل الأول: تعيين المرجع/مادة 414/ 2059 – لا سبيل لتعيين المرجع بين محاكم الأمن القومي والمحاكم العسكرية. إن تعيين المرجع وفقاً للمادة 408 من الأصول الجزائية لا يتم إلا بين محاكم ترتبط بمرجع قضائي واحد ولذلك فإنه لا سبيل لتعيين المرجع بين محاكم الأمن القومي والمحاكم العسكرية لأن محاكم الأمن القومي تصدر أحكامها بصورة مبرمة ولا ترفع لمحكمة النقض.