إذا كان النزاع يدور حول اختصاصٍ ناشئ عن واقعةٍ تدخل في ولاية محاكم الأمن القومي، فإن الفصل في هذا الاختصاص يكون بقرارٍ مبرم من تلك المحاكم، ولا مجال لتعيين مرجعٍ بين القضاء العسكري ومحاكم الأمن القومي متى اختلف المرجع القضائي المختص.
محاكم الامن القومي هي التي تفصل في موضوع الاختصاص بقرار مبرم وتعيين المرجع لا يكون بينها وبين القضاء العسكري المناقشة: لما كانت وقائع هذه الدعوى تشير الى انه اسند إلى الظنين جرم الانتماء الى الحزب الشيوعي ووضع النائب العام لدى محاكم الأمن القومي في حمص يده على الدعوى ثم احالها بتاریخ 13/7/1963 الى المحكمة العسكرية فأصدر قاضي التحقيق العسكري قراره المؤرخ في 24/10/1963 المتضمن عدم اختصاصه للنظر في هذه القضية لانها تدخل في اختصاص قضاء الأمن القومي .ثم أصدر النائب العام لدى محكمة الأمن القومي قراره المؤرخ في 5/11/1963 بالتخلي عن رؤية الدعوى لأن الجرم المنطبق على أحكام المادة 147 من قانون العقوبات العسكري لا يزال قائما .ثم طلبت بعد ذلك النيابة العامة تعيين المرجع الصالح للبت في هذه الدعوى .ولما كان ظاهرا من التحقيق أن المدعى عليه علي قد انتسب الى الحزب الشيوعي قبل دخوله في الجيش ولذلك فان هذه الدعوى تتبع القواعد الآتية :1. ان الجرم المسند الى هذا المدعى عليه لا ينطبق على أحكام المادة 147 من قانون العقوبات العسكري المعدلة بالقانون رقم 152 المؤرخ في 7/6/1959 الا اذا كان الفاعل عسكريا اما اذا كان من المدنيين فتنطبق عليه أحكام المادة ۲۸8 من قانون العقوبات .2. ان اختصاص القضاء يتعين بالنسبة لصفة الفاعل حين ارتكابه الجرم فاذا قام مواطن مدني بسلوك اجرامي ثم انتسب للجيش فان الصفة الجديدة لا تغير شيئا من قواعد الاختصاص .3. ان محاكم الأمن القومي هي التي تفصل في موضوع الاختصاص بقرار مبرم4. ان تعيين المرجع لا يكون الا بين المحاكم التي ترتبط مع بعضها بمرجع قضائي واحد فاذا اختلف المرجع فلا محل لاتباع القواعد الواردة في المادة 408 وما بعدها من الأصول الجزائية .5. أن منع المحاكمة لا يكون الا عن الفعل الجرمي أما الوصف فلا حاجة لمنع المحاكمة عنه ولذلك فان قضاة الحكم لا يتقيدون بالوصف الذي اقيمت به الدعوى من قبل النيابة العامة و احيلت به من قبل قضاة التحقيقوللمحكمة أن تعطي الوصف القانوني بجميع الوقائع والأفعال التي وضعت يدها عليها .6. أن القرارات التي تصدرها محاكم الأمن القومي ودوائر التحقيق فيها لا تكون الا بعد التصديق عليها من رئيس المجلس الوطني القيادة الثورة ويحق لهذا المرجع أن يصدر مرسوما يحيل بموجبه أية قضية جزائية الى هذه المحاكم