إذا كانت البلاد في حالة حرب أو ما يعادلها من حالة الطوارئ التي تُفعّل حكم الفقرة الخاصة بزمن الحرب، فإن أمر الملاحقة بحق المستخدمين والموظفين المدنيين التابعين مباشرة لوزارة الدفاع يصدر عن القائد العام للجيش والقوات المسلحة، أما في زمن السلم فيصدر عن وزير الدفاع.
أوامر الملاحقة بحق المستخدم المدني التابع مباشرة لوزارة الدفاع في حالة الطوارئ تصدر عن القائد العام للجيش المناقشة: لما كانت النيابة العامة أقامت الدعوى على المدعى عليهم الموظفين في فرع المخابرات للمنطقة الشمالية لارتكابهم جرم ضرب موظف أثناء الخدمة وتحقيره بعد أن صدر أمر الملاحقة بتاريخ 12/7/1964 موقع من قبل القائد العام للجيش والقوات المسلحة وقد انتهى القرار المطعون فيه الى رد الدعوى بحجة أن أمر الملاحقة يجب أن يصدر عن وزير الدفاع، وطعنت النيابة العامة في هذا القرار طالبة نقضه لمخالفته لأصول والقانون . ولما كانت الحادثة جارية بتاريخ 28/12/1963 في وقت كانت فية حالة الطوارىء معلنة في البلاد منذ تاريخ 8/6/1963 وكانت المادة 53 من قانون العقوبات العسكري ذات فقرتين احداهما تعتبر نافذة في زمن السلم والثانية في حالة الحرب. ففي الحالة الأوني تسري القواعد التي نص عليها في الفقرة الأولى وتجري الملاحقة بأمر من وزير الدفاع بحق المستخدمين والموظفين المدنيين التابعين مباشرة الوزارة الدفاع الوطني ، وأما في حالة الحرب فان أمر الملاحقة يصدر عن القائد العام للجيش والقوات المسلحة وفقا للفقرة الثانية