إذا أحيلت الدعوى من محاكم الأمن القومي إلى القضاء العسكري، بقي قاضي التحقيق العسكري قائماً بوظيفته ومختصاً باتخاذ القرار المناسب في الدعوى، ولا يجوز له وقف السير فيها بدعوى اختصاص جهة أخرى، وإنما يحدد الوصف الجرمي ويصدر قرار الإحالة إلى المحكمة المختصة.
مدة الطعن بقرارات قاضي التحقيق لا يدخل فيها يوم تبليغ الأوراق لديوان النيابة لمشاهدتها الإحالة أمام محاكم الأمن القومي تتم بأمر من الحاكم العرفي ولا يشترط في الإحالة أتباع الأصول القانونية وإحالة الموظف أولا إلى مجلس التأديب المحاكم العسكرية التي خلفت محاكم الأمن القومي في القضايا المحالة اليها، تعيد الأوراق إلى قاضي التحقيق ليصدر قراره قاضي التحقيق العسكري ليس له ان يمنع المحاكمة بحجة ان القضاء المدني مختص، وأما عليه ان يقرر احالة الدعوى إلى المحكمة المختصة بالجرم الذي يراه منطبقا على فعل المدعى عليه.